２年次からコース分けが行われ、「物質循環工学コース」に配属されます。２年生が履修する「専門基礎科目」では、応用数学，無機化学・有機化学，力学などの工学基礎科目に加え，化学工学量論，移動現象論基礎，熱力学基礎，化学反応速度論に代表される化学工学系導入科目を学ぶことで，化学技術者としての基礎固めを行います。また後期には「バイオ・物質循環工学基礎実験」が開講され、いよいよ研究者としての道のりがスタートします。
また、高校で物理を履修していない学生や物理が苦手な学生を対象として、「物理のキャッチアップ講義」が行われ、専門教育課程に入るための準備を行います。
物理と数学の基礎知識は企業でモノづくりに携わるために、必要不可欠な基礎科目です。物質循環の多くの専門科目では、これら２教科の基礎知識が求められる他、多くの民間企業の採用試験では、これらの知識が問われます（ただし、多くの化学系の企業では、高校物理のすべてをマスターする必要は必ずしも無く、ケミカルエンジニアとして最低限必要な物理の知識が必要となります。）
物質循環工学コースでは、高校で物理を履修していない学生や物理や数学が苦手な学生を対象に、専門科目で最低限必要な物理の知識をマスターするためのキャッチアップ講義（自習ゼミ）を行っています。
物理・数学が得意、不得意に関わらず、将来、企業や公的機関などで研究開発職を目指している学生諸君は、大学４年間でぜひ物理・数学の基礎知識をマスターしましょう！
